蔡司金相顯微鏡應屬精密光學設備，所以必須要認真細致運用，用心維護保養，進而確保儀器的正常工作。 蔡司金相顯微鏡所用試驗室需具備三防標準:防震(避開震源)、防潮(使用空調、烘干機不要放在黑暗潮濕的環境，也不應該受太陽暴曬)、防塵(路面鋪上地板)；不適合接近揮發性、腐蝕刺激性等化學試劑，以免引起腐蝕環境；作業者務必深入了解蔡司金相顯微鏡設備的結構原理、特性特征和操作方法，嚴格遵守操作流程;操作過程中雙手要干凈整潔，試樣的檢測面運用酒精清洗并吹干；運用蔡司金相顯微鏡時，鏡頭要小心輕放，不可以用手觸摸鏡頭的透鏡表層。控制焦距時要先輕輕地旋轉粗調，使物鏡和檢測面盡可能接近，并且從目鏡調焦，隨后輕輕地旋轉調整，直到成像清晰即可。在控制中務必防止物鏡和試樣撞擊，損壞鏡頭;在載物臺墊片圓孔中間的位置上避開物鏡中心位置時不要轉換物鏡，以防劃傷物鏡;、亮度調整切勿忽大忽小，也不能過亮，危害燈泡的使用期，并且也損害視力;全部(功能)轉換，操作要輕，要到位;關閉設備要把亮度調至較小;非專業技術人員不能控制照明系統(燈絲位置燈)，以免造成成像品質；關機未使用時，將物鏡經過調焦結構調整到較低模式;關機未使用時，不能立刻該蓋防塵罩，待冷卻后再蓋，做好防護措施;將不經常使用的光學構件放置在干燥皿內。